Para la Cofradía del Vía Crucis, nacida en 1942 tras los dolorosos acontecimientos de la guerra, los primeros años fueron de actividad febril. La asociación creció con rapidez. Sus listas se fueron engrosando con personas de todos los ámbitos y con una presencia relevante de miembros de la payesía entre los que la parroquia de San Francisco ha tenido secularmente una ascendencia destacada. El crecimiento entró en un cierto letargo en los años setenta y ochenta, para recuperarse notablemente al comienzo de la década de los noventa y hasta el presente en que ha llegado a la cifra de 546 cofrades, lo que ha permitido acometer nuevos retos que la han llevado a ocupar una posición preeminente en la Semana Santa mahonesa. Por esta circunstancia y por sus antecedentes históricos, la actividad de la Cofradía en Cuaresma y Pascua es constante. Arranca el primer viernes del mes de marzo con la fiesta en honor de nuestro patrón Jesús Nazareno, notablemente arraigada en la población de Mahón, que acude en número importante a venerar la imagen en su capilla de San Francisco. Ese día se celebra la misa del Nazareno, con un especial recuerdo a los cofrades fallecidos y la bendición de las medallas para los nuevos cofrades que se incorporan a la hermandad.
La siguiente cita importante es el Do-mingo de Ramos, día grande para la cofradía que celebra un Vía Crucis en su templo de San Francisco lleno a rebosar, y al que desde el año 2005 acude una representación de todas las cofradías de la ciudad. Desde el año 1999 en que intervino Monseñor Xavier Ciuraneta i Aimy, el acto lo preside el obispo de la diócesis; así lo hizo también Monseñor Jesús Murgui Soriano y el actual titular Monseñor Juan Piris Frígola. Al anuncio de la primera estación se canta la Sentencia de Pilatos, costumbre antiquísima en este templo, felizmente recuperada desde el año 1997, recogida de un texto impreso en Ciutat de Mallorca en 1809. Finalizado el acto da comienzo la procesión externa del Vía Crucis, con arranque y final en nuestra parroquia y al que asisten la totalidad de las cofradías de la plaza. En esta procesión la cofradía sale con dos pasos, la Oración en el Huerto y el Nazareno.
El Viernes Santo, en sus inicios la hermandad escenificaba el Santo Entierro con su propio paso de Cristo yacente, erigido en 1942, tal y como se venía haciendo desde tiempos seculares en el templo franciscano. A este acto propio de la cofradía asistía también la Confraternidad de Centuriones de San Cornelio. Pero a instancias de la autoridad eclesiástica, que argumentó su improcedencia a tenor de la reforma litúrgica de Pío XII que situó los Santos Oficios en las horas de la tarde, esta práctica de nuestra hermandad fue abolida en la década de los sesenta, en una decisión controvertida y traumática para la cofradía, y el paso cedido en 1977 en usufructo a la parroquia de la población de Ferrerías. Lo que sí permanece es la asistencia a la procesión general del Santo Entierro, con el resto de cofradías de la ciudad, a última hora de la tarde del mismo viernes, portando la bella imagen de la Verónica muy querida por los cofrades. Con anterioridad a la salida procesional, toda la hermandad con el hábito completo asiste a la proclamación de las Siete Ultimas Palabras de Nuestro Señor Jesucristo en el interior de San Francisco.
El siguiente acto corporativo en el que participa la cofradía es la asistencia en traje de calle a la procesión festiva del Encuentro entre las imágenes de Cristo resucitado y la Virgen María, que organiza la parroquia de Santa María, y que se celebra la mañana del Domingo de Pascua.
Como cierre de actividades, desde hace once años el Vía Crucis instituyó la práctica de peregrinar a pié a la ermita de la Virgen de Monte Toro, Patrona de Menorca, emplazada a unos 25 kilómetros de Mahón, en el mismo centro geográfico de la Isla. Es una jornada festiva de homenaje a la Virgen y confraternidad entre los miembros, familiares y simpatizantes de la Cofradía.
Un hito a destacar es que la Cofradía del Vía Crucis tiene a satisfacción haber sido la primera en Mahón en aceptar la plena integración de las mujeres en los desfiles procesionales con la misma vestimenta que los hombres, incluyendo la potestad de portar el paso. Corría el año 1989, siendo Obispo Mons. Antoni Deig i Clotet, quien medió en las discusiones, en ciertos momentos sobradamente acaloradas, y dio su beneplácito tras la reunión mantenida con la directiva en la propia sacristía de San Francisco. Hay que señalar que esta medida representó un punto de inflexión y propició el fuerte desarrollo experimentado desde entonces.
De la cantidad y la importancia de los actos enumerados se deduce el dinamismo de esta hermandad franciscana, que se rige por una directiva de diecisiete miembros, elegidos cada cuatro años por sufragio universal en el transcurso de la Asamblea General que se celebra el Domingo de Ramos. El Hermano Mayor es a su vez nominado por votación secreta de la junta salida de las urnas. La asociación está representada en el Consejo Parroquial, y la principal preocupación actual en el Vía Crucis es conseguir la plena integración de los cofrades, propiciando la asistencia a las celebraciones litúrgicas y la aproximación al día a día de la actividad parroquial de San Francisco.